Oltre ai microscopi e alle piastre di Petri, i computer sono uno strumento importante per i microbiologi. Il software per la ricerca microbiologica comprende strumenti utilizzati da altre discipline scientifiche e ingegneristiche, nonché applicazioni specializzate per lo studio di batteri e altri microrganismi. Molte applicazioni sviluppate da agenzie governative, fondazioni senza scopo di lucro o ricercatori accademici sono disponibili come software gratuito da scaricare e utilizzare come richiesto dall'esperimento o dal laboratorio.
Strumenti di visualizzazione
Un'immagine fisica o mentale dei dati grezzi che raccogli può aiutarti a coglierne meglio la qualità, il significato e le implicazioni. Il software di visualizzazione dei dati open source e commerciale è ampiamente disponibile per la ricerca microbiologica. Crea grafici e grafici dei tuoi dati utilizzando LibreOffice Calc, Microsoft Excel o il sistema di visualizzazione dei dati Mondrian. Le applicazioni Cell-O e RasMol ti aiutano a creare modelli animati 2D e 3D di molecole biologicamente significative come proteine e amminoacidi.
Modellazione matematica
Grandi raccolte di dati microbiologici spesso forniscono informazioni più significative una volta che sono state analizzate numericamente. Pacchetti software MATLAB, Octave e SciPy che eseguono il perfezionamento matematico, l'analisi e la modellazione dei dati degli scienziati. Usa questi pacchetti per fare la stima dei parametri attraverso l'adattamento di curve, previsioni epidemiologiche, simulazioni di crescita batterica ed eliminazione del rumore dei dati o dell'effetto stocastico. Queste applicazioni eseguono anche calcoli statistici, come l'analisi della varianza o i test Chi-quadrato.
Bioinformatica del genoma
Le applicazioni software di microbiologia aiutano anche a visualizzare ed estrarre informazioni dalla sequenza di acidi nucleici che compongono il DNA di un microrganismo. La Open Bioinformatics Foundation fornisce applicazioni di analisi e sequenziamento del DNA open source gratuite come BioJava e Biopython che estraggono dati da banche di informazioni sul genoma, analizzano il codice del DNA di un organismo e lo confrontano con altri campioni di DNA. Ulteriori pacchetti di analisi del genoma includono Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package o PHYLIP e Sequence Manipulation Suite o SMS.
Software di riferimento
Il rapido ritmo delle scoperte scientifiche in microbiologia e le mutevoli normative governative rendono essenziale che i microbiologi abbiano accesso immediato alle informazioni che influiscono sul loro lavoro. HUGO è un pacchetto software commerciale che fornisce ai microbiologi informazioni aggiornate su strumenti, prodotti chimici, attrezzature, terreni di coltura, requisiti di sicurezza, nuovi organismi, cambiamenti tassonomici e antibiotici. Inoltre, i microbiologi che lavorano nelle scienze alimentari possono utilizzare l'applicazione Web ComBase Browser per accedere ai dati microbiologici relativi agli alimenti forniti dalle agenzie governative nel Regno Unito, in Australia e negli Stati Uniti.
