Sono disponibili molti tipi diversi di lettori di e-book e ogni dispositivo ha i suoi pro e contro. Anche i file e-book sono disponibili in molti formati diversi e nessun lettore può gestirli tutti. Il Kindle supporta un gran numero di formati esistenti, nativamente o con conversione. Alcuni formati di file richiedono l'uso di un software speciale per essere compatibili con Kindle.
AZW: il formato principale
Il formato "AZW" viene utilizzato per gli e-book acquistati nel Kindle Store di Amazon. È il formato preferito per garantire la massima leggibilità sul dispositivo. Il formato è proprietario ed è in realtà una variante del formato MOBI, originariamente creato dalla società francese Mobipocket. Amazon ha acquistato Mobipocket e ha adattato il formato per l'uso su Kindle.
Altri formati nativi
Il Kindle può visualizzare alcuni altri formati di e-book in modo nativo, il che significa che questi file possono essere caricati direttamente sul dispositivo e letti allo stesso modo di un file AZW. I file MOBI e i file PRC (un formato utilizzato sul Palm) possono essere letti se non contengono la protezione DRM (Digital Rights Management). Il DRM in genere limita un libro a un singolo dispositivo di lettura. Inoltre, Kindle è in grado di gestire file di testo normale (TXT) e il formato PDF di Adobe, sebbene non tutti i PDF vengano visualizzati correttamente su Kindle.
Disponibile tramite conversione
La conversione in genere comporta l'invio di un file al tuo indirizzo email Kindle. Amazon afferma di poter convertire HTML, DOC (un file Microsoft Word) e i formati di file grafici JPEG, GIF, PNG e BMP. Alcune persone ora usano il Kindle per leggere fumetti manga scansionati; un programma chiamato Mangle permette di convertire i manga se scansionati in uno dei formati di file grafici supportati su Kindle.
Formati audio
Il Kindle può riprodurre file audio. I file musicali salvati in formato MP3 sono compatibili, così come gli audiolibri di Audible.com, anch'esso di proprietà di Amazon. Questi file sono nei formati Audible (AA) e Audible Enhanced (AAX).
Formati non supportati
Il formato più utilizzato che non è supportato su Kindle è il formato open source EPUB, utilizzato da molti altri e-reader come Nook di Barnes and Noble. Amazon potrebbe eventualmente aggiungere la compatibilità EPUB al Kindle; nel frattempo, programmi gratuiti come Calibre possono essere utilizzati per convertire e-book dal formato EPUB al formato AZW. Anche altri formati come LIT (MS Reader) e LRF (un formato Sony) possono essere convertiti in questo modo. Il successo di queste conversioni può essere incostante, ma sono opzioni disponibili per gli utenti Kindle.